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En abril de 1939, el Ateneo fue intervenido por el nuevo régimen y se volvió a interrumpir el proceso democrático. Hasta 1946 se convirtió en «Aula de Cultura» de la Delegación Provincial de Educación Nacional de FET y de las JONS, cuyo máximo responsable era el delegado provincial de Educación. Por una orden de 23 de marzo de 1946 el Ateneo de Madrid recobró su nombre tradicional y pasó a depender de la Dirección General de Propaganda, adscrita al Ministerio de Educación. La presidencia del Ateneo competía al director general de Propaganda y, desde 1951, al director general de Información del recién creado Ministerio de Información y Turismo. Durante la etapa franquista ocuparon el cargo, entre otros, Pedro Rocamora, Florentino Pérez Embid, José María de Cossío y Carmen Llorca.