En mayo de 1939, el Ministerio de Educación envía a dos funcionarios para llevar a cabo el control técnico de la biblioteca. Entre ellos está Elena Amat Calderón, que continuaría en el Ateneo hasta 1953, siendo nombrada directora en noviembre de 1941. Junto a un magnífico y riguroso trabajo profesional, ella nos ha dejado un testimonio único sobre la desaparición del archivo. Quiso dejar constancia de este hecho en su correspondencia, especialmente en una carta dirigida al jefe de personal el 2 de de diciembre de 1946, pocos meses después de la salida de Falange del Ateneo, donde dice: «…toda la documentación referente al antiguo Ateneo se encontraba en mayo de 1939 debidamente archivada en las Oficinas de Secretaría, ignorando qué suerte ha podido después correr ese archivo en manos de las personas que sucesivamente han desempeñado cargos en dicho departamento».